El descubrimiento en 1959 de la Cueva de Nerja marca un hito excepcional en el desarrollo y modernización del turismo de la Costa del Sol. La cueva supuso el factor que impulsó las políticas aperturistas de la época. La misma tarde del 12 de enero de ese mismo año, la cueva reveló la incuestionable belleza de sus formas geológicas, pero también se mostró como un yacimiento arqueológico de primera magnitud. Es, desde entonces, uno de los principales yacimientos prehistóricos españoles. El antiguo Patronato, ahora como Fundación Pública, asumió la investigación arqueológica y la exploración de la caverna desde el inicio, incorporando a los trabajos a grandes figuras de la arqueología española, verdaderos padres de lo que hoy es la arqueología prehistórica nacional. De la mano de la arqueología llegarán las investigaciones geológicas y algo más tarde comenzarán los estudios sobre la biología subterránea. Todo ello culmina con la creación de un Instituto de Investigación en el que convergen, de forma interdisciplinar, las tres áreas científicas que coordinan las investigaciones en la cueva.