Los fondos artísticos del Museo de la Academia, una de las mejores pinacotecas de España, abarcan cinco siglos y diferentes escuelas, ofreciendo un completo recorrido por la historia del arte desde el Renacimiento hasta las tendencias más actuales del siglo XXI. Sus cincuenta y nueve salas, distribuidas en tres plantas, exhiben obras maestras del arte español, italiano y flamenco.
Tras la incorporación de la Escuela Superior de Bellas Artes en la Universidad Complutense de Madrid en 1975 y su posterior transformación en Facultad de Bellas Artes, la sede de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando hizo uso de sus espacios para la adaptación de un museo en el que exponer las obras que había ido atesorando a lo largo de su historia académica. Tras varios años de reformas (1974-1983), el Museo quedó inaugurado oficialmente en 1986 con la instalación de las colecciones en treinta y cinco salas distribuidas en dos plantas. Años más tarde, en 2002, se amplió el espacio expositivo en las veinticuatro salas de la tercera planta, además de contar con un salón de actos con aforo para cien personas y un almacén de obras visible al espectador.

El Museo de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando cuenta, en la actualidad, con más de 1.400 pinturas, 600 esculturas y 15.000 dibujos, además de una excelente colección de artes decorativas formada por tapices, platería, cerámica, porcelana, relojes, muebles y medallas. Cada una de las secciones cuenta con su propio inventario, así como estudios y publicaciones relacionadas con cada una de las obras.

En las cincuenta y nueve salas del Museo se expone una amplia representación de dicha colección, que ofrece una rica variedad reflejada en la diversa actividad desarrollada en todos los campos de las Bellas Artes, fruto del trabajo de los artistas que en ella se formaron y de las donaciones y adquisiciones que en sus más de doscientos cincuenta años de existencia la Academia ha ido acumulando y conservando.