Tras el inicio de la construcción del arsenal de la Carraca, la Armada tuvo un problema de asistencia sanitaria ante la masiva llegada de militares y operarios civiles. Fue solventado con una improvisada enfermería de madera y con otros hospitales provisionales en la Isla de León ?Lazareto de Infantes y Hospital Provisional de Las Anclas? hasta que en 1756 se erigió el «Real Hospital del Arsenal de la Carraca». Este nosocomio tuvo un papel crucial en la epidemia de fiebre amarilla de 1800 y en los primeros años de la Guerra de la Independencia, hasta que en agosto de 1810 fue desalojado ante el bombardeo de las baterías francesas apostadas en Puerto Real, y reconvertido en «hospital de sangre». En la grave epidemia de fiebre amarilla de 1819, el hospital fue reactivado como en sus orígenes, siendo definitivamente extinguido en 1821.
La inauguración de la nueva enfermería del arsenal en 1880 supuso un inestimable apoyo al Hospital de Marina de San Carlos ?en funcionamiento desde 1809?. Esta dependencia tuvo una actuación destacada durante la Segunda República y Guerra Civil. Los libros de registro de pacientes nos ilustran sobre el procedimiento asistencial y terapéutico que tuvo esta unidad extrahospitalaria de la Armada.