A principios del reinado de Felipe III (1598-1621), las relaciones entre la Monarquía Hispánica y la Inquisición portuguesa entraron en una nueva fase caracterizada por los constantes desacuerdos. El conflicto provocado por el perdón general que solicitaban los cristianos nuevos fue acompañado por otros motivos de tensión entre la Corona y el Santo Oficio. De modo que, en cinco años, entre 1599 y 1604, se sucedieron cuatro inquisidores generales, la Corona proyectó la reforma del tribunal y se prohibió, en varias ocasiones, la celebración de autos de fe. Al mismo tiempo, se sucedían las tensiones entre la Inquisición y la Santa Sede, especialmente por las apelaciones de algunos cristianos nuevos al Sumo Pontífice. Para solucionar el problema de la oposición del Santo Oficio a las resoluciones de la monarquía, Felipe III recurrió a un hombre de sobrada fidelidad a la Casa de Austria. Se trataba de Don Pedro de Castilho, obispo de Leiria, que aceptó ejecutar el perdón general concedido a los cristianos nuevos. A partir de 1605, el Santo Oficio, bajo el gobierno de Castilho, inició una etapa de recuperación de su poder y prestigio. Mediante la sumisión a los designios de la Corona y la colaboración con los ministros más influyentes -el Duque de Lerma, el Marqués de Castelo Rodrigo y el Secretario Fernão de Matos- el nuevo inquisidor general consiguió recuperar la confianza del monarca en el Santo Oficio. Gracias a ello, logró sustituir la reforma externa de la Inquisición, que había sido planeada en Valladolid, por una reforma desde dentro del tribunal que concluyó en la reorganización del Conselho Geral y en la publicación, en 1613, del nuevo Regimento del Santo Oficio.