Le postulat a priori paradoxal de ce livre est que les prisons des XVIe-XVIIIe siècles ont été des espaces d'autonomie, voire de liberté pour les minorités religieuses clandestines : les récusants, restés catholiques dans l'Angleterre protestante, les crypto-protestants en France, après la Révocation de l'édit de Nantes, les morisques et les marranes dans l'Espagne inquisitoriale, qui pratiquent en secret l'islam ou le judaïsme.
Dans leur lieu de détention, ils ont ciselé des graffiti, rédigé lettres et ouvrages, dissimulé des objets. Les espaces de l'enfermement, alors extrêmement divers (prisons, établissements religieux, galères) qui offraient aux détenus des conditions de vie très hétérogènes suivant leurs ressources et leur statut social, ont en effet été investis comme des lieux de sociabilité et de culte tant par les prisonniers que par leurs coreligionnaires à l'extérieur.
Ces prisons, poreuses et connectées aux sociétés environnantes, polarisent ainsi le territoire communautaire des minorités, à l'échelle locale et diasporique.